魏利斌 , 苗红梅 , 张体德 , 李春 , 琚铭 , 张海洋

河南省农业科学院芝麻研究中心, 郑州, 450002
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2013 年, 第 11卷, 第 21 篇   doi: 10.3969/mpb.011.000617
收稿日期: 2013年02月20日    接受日期: 2013年03月14日    发表日期: 2013年07月25日

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本研究采用Gateway建库技术构建了中国芝麻主栽品种豫芝11号的植株生长发育过程中不同组织的全长cDNA文库(SiFcDNA)。该全长cDNA文库容为5.6×106，文库滴度为1.12×10⁶ cfu/mL。部分克隆检测显示，文库cDNA片段长度集中于1.0~3.0 kb，重组率为96.88%，全长cDNA比例为88%。随机挑取1 152个单克隆进行5'端EST测序，共获高质量有效EST序列1 088条，拼接得到单一基因序列867条，其中46条单一基因在NCBI数据库中没有查到相应的同源序列，可能为芝麻生长发育过程特有的新基因；所获单一基因序列被划分为26个GO功能亚类。此外，从获得的Unigene序列中挖掘出了173个SSR，分布频率为4.78 kb/SSR；AG/CT类型SSR出现次数最多，占总SSR的19.08%。高质量全长SiFcDNA文库的构建为深入开展芝麻功能基因组学研究奠定基础。

芝麻；全长cDNA文库；生物信息学；EST-SSR